Alle prime elezioni democratiche del 1992 il Partito Congolese del Lavoratori ottenne 19 seggi su 125; alle presidenziali dello stesso anno Denis Sassou-Nguesso fu sconfitto ed il ballottaggio si svolse tra un ex magistrato, Bernard Kolelas, e Pascal Lissouba, che era stato primo ministro durante il primo mandato presidenziale di Massemba-Débat nel 1963. Vinse il secondo, ma da quel momento la storia del Congo fu caratterizzata da un'altissima instabilità.
Fin dall'inizio il governo di Lissouba fu accusato di corruzione, e le elezioni anticipate nel 1993 furono destabilizzate da pesanti disordini, nel corso dei quali ci furono diverse decine di vittime. Lissouba vinse di nuovo e Kolelas formò un governo ombra, ma si pose anche a capo di milizie ribelli che iniziarono una serie di scontri con le forze governative; all'inizio del 1994 una repressione delle milizie ribelli portò a più di cento vittime. Nello stesso anno l'elezione di Kolelas a sindaco di Brazzaville sembrò calmare le acque, e si avviò un processo di pacificazione. Nel 1997 tornò però sulla scena Denis Sassou-Nguesso, che di fronte al tentativo governativo di arrestarlo schierò le proprie milizie: esplose una vera e propria guerra civile, breve ma devastante e sanguinosa, che si concluse con la fuga di Lissouba. Nguesso formò un proprio governo e si accinse ad affrontare l'ultimo rimasto dei suoi avversari, Bernard Kolelas. Questo nel frattempo aveva acquisito tra le sue file le cosiddette milizie "Ninja", che traggono origine da un gruppo religioso "messianico" ed il cui leader é un prete rinnegato, Frederic Bitsangou, conosciuto anche come Pasteur Ntumi. Le milizie Ninja si concentrano soprattutto a sud nella regione di Pool, ove risiede anche la capitale Brazzaville.
Tra il 1999 ed il 2001 le trattative di pace portarono ad un cessate il fuoco, alla demilitarizzazione dei partiti politici ed alla promulgazione di una nuova costituzione, che spianava la via a nuove elezioni. Tuttavia alle elezioni del 2002 i due avversari di Nguesso furono esclusi dal confronto attraverso pretesti legali (nel frattempo, tra l'altro, entrambi erano stati condannati in contumacia: rispettivamente a trent'anni di lavori forzati per tradimento e corruzione - Lissouba - ed a morte per crimini di guerra - Kalelas). Inoltre un referendum costituzionale aveva pochi mesi prima rafforzato pesantemente i poteri del Presidente della repubblica. Sassou-Nguesso tornò così al potere con un mandato prolungato a sette anni.
Gli scontri tra le armate governative ed i ribelli Ninja proseguirono nel corso del 2002, causando diverse vittime ed un'ondata di 150.000 profughi molti dei quali tuttora senza dimora; nel Marzo 2003 vennero siglati degli accordi di pace e le truppe ribelli accettarono di arrendersi. Da allora la situazione é relativamente pacifica, ma non mancano motivi di tensione e preoccupazione: alcuni gruppi "Ninja" non sono mai stati disarmati e pur rifacendosi alle forze ribelli del '97 si danno di fatto al banditaggio. D'altro canto non manca chi accusa il governo di utilizzare il pretesto dei ribelli per mantenere il pugno di ferro.
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