Aux premières élections démocratiques en 1992, le Parti Congolais des Travailleurs obtint 19 sièges sur 125; aux présidentielles de la même année Denis Sassou-Nguesso perdit et le ballottage s’effectua entre un ex magistrat, Bernard Kolelas, et Pascal Lissouba, que avait été premier ministre pendant le premier mandat présidentiel de Massemba-Débat en 1963. Le deuxième gagna, mais à partir de ce moment là l’histoire du Pays fut caractérisé par une très grande instabilité.
Du début de son gouvernement, Lissouba fut accusé de corruption et les élections anticipées en 1993 furent déstabilisés à cause de graves désordres qui provoquèrent des dizaines de victimes. Lissouba gagna de nouveau et Kolelas constitua un gouvernement secret, mais devint aussi le leader des combattants rebelles qui entamèrent une série de luttes contre les forces gouvernementales; au début du 1994 une répression des combattants rebelles provoqua plus que cent victimes. Dans la même année, l’élections de Kolelas comme maire de Brazzaville tranquilliserènt la situation et on commença le processus de pacification. En 1997 Denis Sassou-Nguesso, quand le gouvernement essaya de le prendre, rangea ses combattants: il y eut une vraie guerre civile, rapide mais dévastante et sanguinaire, que termina avec la fuite de Lissouba. Nguesso constitua son propre gouvernement et se prépara pour affronter le dernier de ses ennemis, Bernard Kolelas. Celui-ci, entre-temps, avait accueilli entre ses combattants, les "Ninja", qui ont origine de une groupe religieuse "messianique" et dont le leader est un prêtre renié, Frederic Bitsangou, nommé aussi Pasteur Ntumi. Les combattants Ninja se concentrèrent surtout dans le sud, dans la région de Pool, où se trouve aussi la capitale Brazzaville.
Ente 1999 et 2001 les négociations de paix arrivèrent aux cessez le feux, à la démilitarisation des partis uniques et à une nouvelle constitution que conduisait aux élections nouvelles. Tout de même, aux élections du 2002 les deux adversaires de Nguesso furent exclus de la confrontation à travers de prétextes légaux (entre-temps, touts les deux avaient été exécutés par contumace: respectivement à trente ans de travaux forces pour trahison et corruption - Lissouba – et à mort pour crimes de guerre - Kalelas). De plus, un referendum constitutionnel de quelque mois auparavant, avait grandement renforcé les pouvoirs du Président de la République. Sassou-Nguesso eut un nouveau mandat et prolongea son gouvernement de sept ans.
Les luttes entre les armées gouvernementales et les rebelles Ninja continuèrent tout le long du 2002, provoquant beaucoup de victimes et 150.000 réfugiés, dont beaucoup n’ont pas encore de maison ! Au mois de mars du 2003 on signa les accords de paix et les combattants acceptèrent de se rendre. A partir de ce moment là, la situation a été relativement tranquille, mais il ne manquent pas les tensions ou les préoccupations: certains groupes de "Ninja" sont toujours armés et, aussi s’ils peuvent compter sur les forces des rebelles du 1997, ils se conduisent comme des bandits! D'autre coté, il y en a qui culpabilisent le gouvernement de utiliser les rebelles comme excuse pour garder le poing de fer.
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